Phân loại này là theo truyền thống.Phân bộ Lacertilia (Sauria) – (thằn lằn)

• Họ †Bavarisauridae
• Họ †Eichstaettisauridae
• Phân thứ bộ Iguania
  • Họ †Arretosauridae
  • Họ †Euposauridae
  • Họ Corytophanidae (Thằn lằn đầu mũ)
  • Họ Iguanidae (Kỳ nhông)
  • Họ Phrynosomatidae (thằn lằn không tai, thằn lằn gai, thằn lằn cây, thằn lằn đốm bên và thằn lằn có sừng)
  • Họ Polychrotidae (thằn lằn Anolis)
    • Họ Leiosauridae (xem Polychrotinae)
  • Họ Tropiduridae (thằn lằn đất nhiệt đới)
    • Họ Liolaemidae (xem Tropidurinae)
    • Họ Leiocephalidae (xem Tropidurinae)
  • Họ Crotaphytidae (thằn lằn cổ dài và thằn lằn báo)
  • Họ Opluridae (kỳ nhông Madagascar)
  • Họ Hoplocercidae (thằn lằn rừng và thằn lằn đuôi chùy)
  • Họ †Priscagamidae
  • Họ †Isodontosauridae
  • Họ Agamidae (nhông)
  • Họ Chamaeleonidae (tắc kè hoa)
• Phân thứ bộ Gekkota
  • Họ Eubleparidae (thạch sùng mí)
  • Họ Gekkonidae (Họ Tắc kè)
  • Họ Pygopodidae (thằn lằn cụt chân)
  • Họ Dibamidae (thằn lằn mù)
• Phân thứ bộ Scincomorpha
  • Họ †Paramacellodidae
  • Họ †Slavoiidae
  • Họ Scincidae (thằn lằn bóng)
  • Họ Cordylidae (thằn lằn đuôi gai)
  • Họ Gerrhosauridae (thằn lằn mạ)
  • Họ Xantusiidae (thằn lằn đêm)
  • Họ Lacertidae (thằn lằn tường hoặc thằn lằn thực)
  • Họ †Mongolochamopidae
  • Họ †Adamisauridae
  • Họ Teiidae (thằn lằn đuôi roi)
  • Họ Gymnophthalmidae (thằn lằn đeo kính)
• Phân thứ bộ Diploglossa
  • Họ Anguidae (thằn lằn rắn)
  • Họ Anniellidae (thằn lằn cụt chân Bắc Mỹ)
  • Họ Xenosauridae (thằn lằn vảy núm)
  • Họ Shinisauridae (thằn lằn cá sấu)
• Phân thứ bộ Platynota (Varanoidea)
  • Họ Varanidae (kỳ đà)
  • Họ Lanthanotidae (kỳ đà không tai)
  • Họ Helodermatidae (thằn lằn Gila và thằn lằn đính cườm Mexico)
  • Họ †Mosasauridae (thằn lằn biển)